Кадыров активно участвовал в спецоперациях по ликвидации боевиков (в 2003 году был награжден орденом Мужества за операцию по уничтожению отряда Абу аль-Валида, в 2004 году получил звезду Героя России). Вел переговоры с полевыми командирами и боевиками, предлагая им перейти на сторону федеральных властей. Сторонники Кадырова утверждали, что благодаря его усилиям к мирной жизни вернулись около 4 тысяч человек.

Кадыров-младший пережил пять покушений. Их организаторы так и не были найдены. Ряд СМИ не исключал, что это могли быть и мирные жители Чечни, так как Кадырова неоднократно обвиняли в причастности к похищению людей. Несмотря на все эти обвинения, в мае 2004 года, после гибели Ахмада Кадырова, Рамзан Кадыров был назначен первым вице-премьером Чечни, курирующим силовой блок. Госсовет и правительство Чечни даже просили Владимира Путина изменить конституцию республики, запрещающую баллотироваться в президенты лицам моложе 30 лет (Рамзану было 28), однако президент России менять закон отказался.

Сам Кадыров заявил, что баллотироваться в президенты не намерен. Однако СМИ стали называть его наиболее вероятным претендентом на этот пост.

В ноябре 2005 года Кадыров, исполняя обязанности премьера (Сергей Абрамов в то время находился в больнице), фактически провел в парламент Чечни нужных ему людей. В декабре был избран руководителем чеченского отделения "Единой России". Поддержкой же правительства Кадыров заручился задолго до этого. 17 января 2006 года Кадыров стал почетным членом Российской академии естественных наук и получил медаль "Защитник Чеченской Республики".

В декабре 2005 года Кадыров был избран председателем чеченского отделения партии "Единая Россия".

В марте 2006 года Кадыров возглавил чеченское правительство и пообещал добиться улучшений в жизни республики за три месяца. В сентябре того же года он вмешался в ситуацию в Карелии, где в городе Кондопога произошли кавказские погромы. Кадыров обвинил власти в бездействии и объявил, что Чечня сумеет "найти правовые методы, способные привести ситуацию в правовое русло". В результате националистические выступления начались и в Петрозаводске.

10 февраля 2007 года председатель правительства Чеченской республики заявил, что "бандподполье в Чечне обезглавлено" и незаконные вооруженные формирования полностью ликвидированы. 15 февраля президент Владимир Путин подписал указ о назначении Кадырова временно исполняющим обязанности президента Чечни. Тем же указом Путин принял прошение об отставке прежнего президента республики Алу Алханова, которое тот, как сообщила пресс-служба Кремля, подал по собственному желанию.

Голосование по кандидатуре президента ЧР в парламенте было назначено на начало марта 2007 года. По сведениям СМИ, претендовать на пост главы республики намеревались Кадыров и министр социального развития и труда Магомед Вахаев (его кандидатуру выдвинул сам Кадыров). В то же время журналисты называли кандидатуру Вахаева "технической".

2 марта 2007 года на внеочередном заседании республиканского парламента Кадыров был утвержден президентом Чечни. Его кандидатура была одобрена практически единогласно: за Кадырова проголосовали 56 из 58 депутатов обеих палат парламента - и два бюллетеня для голосования были признаны недействительными. Кандидатуру Кадырова на рассмотрение парламента предложил президент России. Об этом Путин лично сообщил Кадырову на встрече в Ново-Огарево 1 марта 2007 года. 5 апреля 2007 года Кадыров вступил в должность президента Чечни.

В октябре 2007 года Кадыров возглавил региональный список кандидатов партии "Единая Россия" в Чеченской Республике на выборах в Государственную Думу РФ пятого созыва. После победы партии он, как и ожидалось, отказался от депутатского мандата.

В декабре 2007 года Кадыров на съезде "Единой России" был избран в бюро высшего совета партии, в связи с чем покинул пост секретаря республиканской организации "единороссов".

24 сентября 2008 года в Москве был убит Руслан Ямадаев. СМИ сообщали, что, согласно одной из версий, преступление было связано с враждебными взаимоотношениями между Кадыровым и братьями Ямадаевыми. Пресс-служба президента Чечни опровергала эти слухи, а сам он высказал мнение, что это преступление стало кровной местью Ямадаевым со стороны тех, кто якобы пострадал от их рук. Появлялась в СМИ информация и о том, что брат убитого Сулим Ямадаев обвинил президента Чечни в причастности к преступлению, однако сам Ямадаев эти сведения опровергал.

16 апреля 2009 года в Чечне был отменен режим контртеррористической операции, действовавший на протяжении девяти лет, что сняло ряд ограничений, препятствовавших самостоятельной экономической деятельности республики.